Nietolerancje pokarmowe występują znacznie częściej niż alergia pokarmowa. Wśród dzieci najczęściej spotykana jest nietolerancja laktozy, której odsetek szacowany jest na 19% populacji pediatrycznej. Objawy nietolerancji pokarmowych manifestują się głównie z przewodu pokarmowego i należą do nich takie dolegliwości dyspeptyczne jak: bóle brzucha, wzdęcia czy przewlekłe biegunki. Nietolerancje pokarmowe mogą występować wtórnie w zaostrzeniach takich chorób jak: czynnościowe zaburzenia przewodu pokarmowego (w tym IBS), celiakia, choroby zapalne jelit.

Do najczęściej diagnozowanych nietolerancji pokarmowych należą nietolerancja laktozy i fruktozy.

W obu przypadkach konieczna jest interwencja dietetyczna, polegająca na ograniczeniu składnika diety powodującego dolegliwości. W przypadku dzieci szczególnie ważne jest aby interencja ta była zaplanowana przez dietetyka ze względu na ryzyko niedoborów skłaników odżywczych, które mogą zaburzyć prawidłowy rozwój dziecka.

Alergia pokarmowa to stan chorobowy, w którym dolegliwości uwarunkowane są mechanizmami immunologicznymi. W momencie dostania się alergenu do przewodu pokarmowego organizm wytwarza przeciwciała starające się go unieszkodliwić, a następnie usunąć z organizmu. W takiej reakcji bierze udział grupa przeciwciał, tzw. immunoglobuliny E (IgE). Reakcja alergiczna może zostać wywołana np. przez białka występujące w mleku. Dieta w alergii pokarmowej polega na eliminacji czynnika wywołującego dolegliwości. Dietetyk układa dietę eliminacyjną na podstawie diagnozy lekarskiej.